Mae dwy ran i strwythur sylfaenol cromatograff nwy, sef uned ddadansoddi ac uned arddangos. Mae'r cyntaf yn bennaf yn cynnwys dyfais mesur ffynhonnell nwy a rheoli, dyfais samplu, thermostat a cholofn cromatograffig. Mae'r olaf yn bennaf yn cynnwys dilyswyr a chofnodwyr awtomatig. Y golofn gromatograffig (gan gynnwys y cyfnod llonydd) a'r calibradwr yw cydrannau craidd cromatograff nwy.
(1) System nwy cludo Mae'r gylched nwy yn y cromatograff nwy yn system biblinell gaeedig lle mae'r nwy cludo yn rhedeg yn barhaus. Mae angen nwy cludwr pur ar y system nwy cludwr gyfan, aerglosrwydd da, cyfradd llif sefydlog a mesuriad cyfradd llif cywir.
(2) System samplu Samplu yw ychwanegu sampl nwy neu hylif i ben uchaf y golofn gromatograffig yn gyflym ac yn feintiol.
(3) System wahanu Craidd y system wahanu yw'r golofn gromatograffig, a ddefnyddir i wahanu samplau aml-gydran yn gydrannau unigol. Mae dau fath o golofnau cromatograffig: colofnau wedi'u pacio a cholofnau capilari.
(4) Swyddogaeth y synhwyrydd system ganfod yw trosi'r cydrannau sampl sydd wedi'u gwahanu gan y golofn gromatograffig yn signalau trydanol yn ôl eu nodweddion a'u cynnwys, ac ar ôl ymhelaethu, mae'r recordydd yn eu cofnodi'n gromatogram.
(5) System recordio signal neu brosesu data cyfrifiadurol Yn ystod y blynyddoedd diwethaf, mae cromatograffau nwy yn defnyddio proseswyr data cromatograffig yn bennaf. Gall y prosesydd data cromatograffig argraffu a chofnodi'r cromatogram, a gall argraffu'r canlyniadau wedi'u prosesu, megis amser cadw, ffracsiwn màs y cydrannau mesuredig, ac ati ar yr un papur cofnodi.
(6) System rheoli tymheredd Fe'i defnyddir i reoli a mesur tymheredd colofn cromatograffig, synhwyrydd a siambr nwyeiddio, ac mae'n rhan bwysig o gromatograff nwy. Rhennir cromatograffau nwy yn ddau gategori: cromatograff nwy-solid yw un, a chromatograff dosbarthu nwy-hylif yw'r llall. Mae'r cyfnodau llonydd sydd wedi'u gwahanu gan y ddau fath hyn o gromatograffau yn wahanol, ond mae strwythur yr offerynnau yn gyffredin.